여성청결제는 일반 세정제와 다르게 종류에 따라서 사용 방법이나 용도가 달라진다.
예를 들어 비누처럼 외음부를 닦는 용도로 사용하는 제품과 물티슈처럼 질 내부에 넣어서 사용하는 것이 있다.

일반세정제를 사용 하면 질 내부의 산성을 떨어뜨린다는 단점이 있지만,
여성청결제는 pH레벨을 약산성으로 유지 시켜 주며 유익균을 회복시켜 질 건강에 도움을 준다.

또한 일반 세정제는 질에 넣어 사용하면 질염을 유발하게 되지만,
여성청결제는 제품마다 다르게 질에 주입이 가능한 것들이 있어서 질염이 심할 때 치료용으로 사용할 수 있다는 차이점이 있다.